Đối với The Twin Snakes, lối chơi của Metal Gear Solid' đã được sửa đổi để cho giống với lối chơi của Metal Gear Solid 2. Trong khi tất cả khu vực và binh lính cũ đều được giữ nguyên, nhà sản xuất đã bổ sung thêm những cách thức chiến đấu mới cho người chơi, chẳng hạn như khả năng ngắm bắn dưới góc nhìn thứ nhất.[2] AI của máy cũng được cải thiện, tạo cho quân địch khả năng giao tiếp với nhau và phát hiện người chơi một cách thông minh hơn bằng khả năng phán đoán qua tầm nhìn và tiếng động được nâng cao[3]